Saint-Agnan est une commune située dans le département de l'Yonne (région de Bourgogne). La ville de Saint-Agnan appartient au canton de Pont-sur-Yonne et à l'arrondissement de Sens. Les habitants de Saint-Agnan s'appellent les Saint-Agnonais et étaient au nombre de 774 au recensement de 1999. La superficie est de 13.3 km². Saint-Agnan porte le code Insee 89332 et est associée au code postal 89340. Elle se situe géographiquement à une altitude de 90 mètres environ.
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